Seit 1997 führt das JDZB in Kooperation mit dem Deutschen Akademischen Austauschdienst (DAAD) erfolgreich deutsch-japanische Stipendiatenseminare durch, 2007 erstmals auf Wunsch des DAAD auch mit Beteiligung koreanischer Stipendiaten, die zurzeit in Deutschland studieren. In Deutschland weilende japanische Stipendiaten aus allen Wissenschaftsbereichen und aus Japan nach Deutschland zurückgekehrte junge deutsche Wissenschaftler lernen sich über ihre wissenschaftlichen Präsentationen und Diskussionen kennen und bauen Verbindungen auf.